SMAS St.Thomas Aquinas sebagai satuan pendidikan ditetapkan oleh pemerintah melalui Direktorat Pembinaan SMA Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah menjadi salah satu SMA Rujukan pada tahun pelajaran 2016/2017. Penetapan tersebut berdasarkan hasil penilaian bahwa SMAS St.Thomas Aquinas telah memenuhi standar nasional pendidikan, sebagai pelaksana kurikulum 2013, dan terakreditasi A.
Untuk meningkatkan dan memperluas mutu pendidikan di SMAS St.Thomas Aquinas perlu upaya-upaya pembenahan baik menyangkut pendidik dan tenaga kependidikan, sarana prasarana seperti laboratorium, perpustakaan, pengorganisasian, serta manajemen pengelolaan penyelenggaraan pendidikan. Semua sumber daya pendukung tersebut perlu di dukung oleh berbagai pihak antara lain yayasan, sekolah, komite, orang tua maupun pemerintah.