Sejarah Berdirinya SMAS St.Thomas Aquinas
SMAS St.Thomas Aquinas didirikan pada tanggal 16 Juli 1987, atas prakarsa dan rekomendasi Keuskupan Weetabula sebagai bentuk tindak lanjut dari hasil musyawarah pastoral pertama Keuskupan Weetabula. Hal ini merupakan akibat dari penutupan SPG Santo Alfonsus Weetabula.
Berdasarkan akta pendirian sekolah SMAS St.Thomas Aquinas, lembaga pendidikan ini awalnya bernaung di bawah yayasan Nusa Cendana dari tanggal 16 Juni 1987 sampai tanggal 16 Juni 1990 dengan kepala sekolah pertama adalah Pater Romaldus Pitan, SVD. Berbagai kendala yang dialami oleh Yapnusda, sehingga terhitung dari 16 Juni 1990 sampai 1995 SMAS St. Thomas Aquinas dialihkan ke yayasan Sinar Buana dengan kepala sekolah Pater Lukas Laru, SVD. Mengingat pendidikan di keuskupan Weetabula belum mengalami kemajuan, tertinggal dari daerah lain maka atas inisiatif Mgr. Gabriel Cherubim Parera, SVD memohon kepada kongregasi BHK, untuk mengelola SMAS St.Thomas Aquinas.
Menindaklanjuti hasil komunikasi tersebut, maka pada tanggal 1 september 1995 SMAS St.Thomas Aquinas berada dalam naungan yayasan Mardi Wiyata yang dikelola oleh frater - frater Bunda Hati Kudus hingga saat ini.
Dampak dari pengalihan tersebut maka terjadi pergantian pimpinan pada SMA S St.Thomas Aquinas. ( Data terlampir )
Sejak SMAS St.Thomas Aquinas di kelola oleh yayasan Mardi Wiyata lembaga ini mengalami perubahan dari sisi akademik dan non akademik hingga mendapatkan akreditasi “A”
Sejak pemberlakuan kurikulum 2013 SMAS St.Thomas Aquinas menerapkan kurikulum 2013, tersebut dalam proses pembelajarannya. Maka pada tahun yang sama (2013) SMAS St.Thomas Aquinas dikategorikan sebagai sekolah SMA Pelaksana Kurikulum 2013 jalur Mandiri.
Pada tahun 2014 dari direktorat pembinaan SMA menetapkan SMA S St. Thomas Aquinas sebagai pelaksana Kurikulum 2013, sekolah Rintisan Kurikulum 2013.
Pada tahun 2015 Direktur Pendidikan SMA, mempercayai SMAS St.Thomas Aquinas sebagai induk klaster implementasi kurikulum 2013, dan SMA Model.
Di tahun 2016 Direktur Pembinaan SMA mempercayai SMA S St.Thomas Aquinas sebagai SMA Rujukan. Sebagai SMA Rujuakn dan telah memenuhi delapan standar SNP dengan memiliki predikat akrditasi dari Badan Akreditasi Nasional dengan nilai “A”; maka SMA S St Thomas Aquinas boleh menerapkan sistem SKS dalam proses pembelajaran.
